本校は、東近江市の東部、湖東三山の麓に広がる湖東平野の中央部に位置し、鈴鹿山系に源を発する愛知川に隣接する地域が学区です。
　本校の歴史を辿ると、明治８年に校区に廉知学校、岸本学校、開進学校､有信学校ができ、明治１９年に合併して簡易科小田苅小学校として創立されました。さらに、昭和３９年には湖東町立湖東第三小学校、平成１７年には市町合併により東近江市立湖東第三小学校と改名されました。約１４０年の歴史と伝統のある学校です。
　校区には、緑豊かな田園やすこやかの杜など自然豊かな地域が広がっています。人口の異動は少ない方ですが、近年、新興住宅の児童の割合が増えています。

【地区】

中岸本　下岸本・野瀬出　小田苅　長　メイタウン

大清水　ビーンズタウン　南清水　野神団地

北清水　清水中　サンコート小池　小池　池庄